稀土资源开发利用的补偿资金来源主要由中央财政、地方政府财政和稀土开发企业共同构成，形成稀土资源开发利用生态补偿资金池，用于稀土资源开发生态建设和环境保护各项支出。
鉴于我国稀土资源开发的实际情况较为复杂，稀土矿山生态环境的破坏既有历史的“旧账”，又有不断产生的“新账”。
目前国家和地方未对新旧稀土矿山的划分做出法律界定，并没有依据旧矿山的特点而采取相应的环境保护和修复专用资金。建议对历史的、无主的“旧账”由国家作为补偿者承担补偿与修复的责任，对“新账”由地方政府和企业共同承担。原则上企业作为补偿主体，政府投入主要发挥引导和激励作用。