稀土资源开发生态补偿具有明确的主体，受益对象也相对明确，因此，这一领域的生态补偿交易比较容易建立起来。稀土资源开发生态补偿是由补偿主体(管理者、使用者、破坏者、受益者) 因获得生态环境效益和经济社会效益而向补偿对象 (所有者、供给者、经营者、保护者、受害者)进行的补偿，但是基于什么样的具体依据来制定补偿标准从而实现最终的生态系统恢复目标是关键。
目前，稀土资源开发生态补偿标准一直缺乏具有可操作性的制定方法，如果制定的补偿标准过低，则补偿主体未能对其开发利用资源、破坏生态环境等行为承担起应有的责任和义务，因而补偿对象对其出让资源、保护资源环境等行为也就得不到应有的赔偿或回报，从而不利于生态环境的有效保护，如果制定的补偿标准过高，超过了补偿主体的财力支付能力，就会成为补偿主体的沉重负担，会挫伤补偿主体的补偿积极性,使补偿主体不愿意提供补偿，影响了生态补偿的质量和效率，同样不利于改善生态资源环境的质量。
因此，需要结合当前条件下企业、社会和其他相关利益者的经济承受能力而确定合理有效的补偿标准，才能有效调整补偿主体和补偿客体的利益分配关系，确保稀土资源开发生态补偿工作的顺利进行。