补偿主体是指那些对生态环境造成影响的单位和个人，以及从生态建设和环境保护中获得利益的单位及个人，他们有义务和责任去治理或修复破损的生态环境。稀土资源开发生态环境补偿的主体可以分为国家及地方政府，矿山企业、下游地区等受益者等。对稀土资源开发而言，其开发过程中的开发企业是首要受益者，稀土矿产加工企业是间接受益者，其次受益的是稀土资源的使用者、生产产品的终端消费者。因此，稀土资源开发的生态补偿主体应该是稀土资源开发者、加工者，使用者和最终消费者。
但是，稀土资源的使用者和终端消费者数量众多，补偿费用征收成本很高，同时，开发者能够把征收的生态补偿费通过提高销售价格转移一部分到稀土资源的加工者、使用者和终端消费者身上，实际上他们也间接承担了一部分补偿费。另外，针对稀土废弃矿山，由于其生态环境具有公共性，通常由国家和地方统一调控和治理，中央政府和地方政府调控失灵也是导致生态环境破坏的主因。