目前我国生态补偿实施的方式主要以政府为实施主体，采取政策倾斜、优惠待遇.财政转移支付、专项基金、项目支持以及各种生态税费(生态补偿费和环境资源费) 征收等方式进行生态补偿，可分为政策补偿、资金补偿和实物补偿三种形式。对于稀土资源开发利用的生态补偿来说，生态补偿形式同样有多种多样，采取不同补偿方式起到的补偿效果可能存在差异。
对于稀土矿山企业的正外部性行为，可优先采取政策倾斜、优惠待遇的方式补偿;对于稀土矿山企业的负外部性，实施税费、基金等方式补偿。此外，还可根据不同的补偿主体与客体，实施政策补偿、资金补偿、实物补偿或组合形式，以保证生态补偿的整体效果。