生态补偿是指对由人类的社会经济活动给生态系统和自然资源造成破坏及对环境造成污染的补偿、恢复、综合治理等一系列活动的总称。建立稀土资源开发环境保护生态补偿制度主要意义在于:一方面建立生态补偿制度是追求资源、环境和经济和谐发展的要求，是把稀土可持续开发与生态环境保护提升到国家具体管理的层面上来，激励和引导每一个企业、社会成员关注稀土资源;另一方面建立生态补偿制度有助于促进我国稀土资源走可持续开发，有助于利用经济激励手段，促使稀土开发利用过程与资源环境相结合，从而在整体上对稀土资源生产活动实现宏观调节。
建立稀土资源开发环境保护生态补偿机制，可考虑设立国家稀土生态补偿专项基金，制定实施稀土资源开发生态补偿条例，明确补偿主体和补偿范围。