政府治理环境污染的支付。针对那些无责任主体或责任无力承担责任的遗留矿区，由政府委托第三方治理企业负责投资、建设与运行产生的费用应由专项资金支付。
第三方治理企业的低息或无息贷款。第三方治理企业向基金管理中心提交生态环境保护与治理报告书，基金管理中心组织技术专家对报告书进行技术评估后，做出对第三方治理企业是否贷款的决定。
稀土生产企业保证金的返还。稀土企业在规定时间内完成环境污染治理任务后，向基金管理中心提出申请，基金管理中心收到申请后对企业环境污染治理情况进行实地调研评估后，做出是否返回稀土企业环境污染治理保证金的决定。
对稀土生产企业的奖励。对按照市场化的方式采取第三方治理的稀土企业，基金管理中心应按照投入治理资金的一定比例给予补贴。