历史遗留矿区生态环境保护与治理的首要问题是摸清底数。现阶段，重点开展稀土资源开采历史遗留矿区生态环境修复核查工作。
生态环境部负责编制历史遗留矿区生态环境保护与治理调查表，该表格应涵盖废弃矿区过去或现在隶属企业、过去生产基本情况、矿山生态环境破坏、生态环境保护与治理等情况。
各省级环境保护行政主管部门会同有关部门，认真组织、详细调查辖区内由于稀土开采而遗留下的废弃矿区，将调查表汇总上报生态环境部。
进而形成全国历史遗留稀土矿区数据库。生态环境部综合环境、社会和经济三方面影响，对全国历史遗留稀土矿区进行生态环境保护与治理优先序排列，形成“历史遗留矿区生态环境保护与治理优先名单”。